其最典型的损害为微高出皮面、小小米粒到绿豆大小的丘疹,呈有明确境界的多角形或圆形。以紫红色、紫蓝色为主,亦亦呈暗红、红褐、暗灰色。同一位病人的丘疹往往大小一致,密集分布,有的分散分布,有的相互融合成大小不同、形状各异的斑块。大部分病人可出现不同程度的瘙痒。
好发部位为黏膜。如果发生在口腔,则表现为树枝状或网状的白色细纹,有时出现白斑、斑片或斑块。出现舌乳头萎缩的情况;发生在嘴唇部位时,可有糜烂、渗出和粘附性鳞屑,特别像红斑狼疮引起的唇部损伤。约1%的口腔黏膜扁平苔癣会发生癌变,也有统计显示癌变的机率高达10%以上,并且以溃疡或浸润较厚的部位为主。形成于生殖器部位的扁平苔癣形态与口腔黏膜相似,有烧灼感和疼痛感。
扁平苔癣的损伤可以发生在任何部位。但是总的来说,四支多于躯干,四肢屈侧多于伸侧,尤以腕屈侧、踝周及股内侧为多。躯干损伤多发生在腰部。脸部也可以累及,但比较罕见。头发起疹时可造成永久性脱发,多为斑片状,偶有扩散性脱发。脱发处头皮萎缩,或有疤痕形成,与红斑狼疮引起的脱发和假斑秃有些相似。